Je n'ai utilisé wine qu'a une seule occasion.
C'est pas un truc du genre:
wine /home/thierry/.wine/drive_c/Program Files/ton_programme.exe
Avec des options si nécessaire.
(édit)
T'as pas essayé de faire :
clik droit, ouvrir avec, wine, conserver l'association (ou un truc du genre)
?