Tu peux utiliser le programme
cfdisk dans un terminal.
Formater une clef USB avec cfdisk :
D'abord il faut connaître le fichier spécial de périphérique (sous Linux, les périphériques sont aussi des fichiers!) correspondant à ta clef usb :
dmesg | grep -i "SCSI device"
Ensuite, passer en mode administrateur avec la commande :
su
Enfin lancer le partitionneur avec (si sdb est le nom du fichier de périphérique de ta clef) :
cfdisk /dev/sdb
Les indications sont en anglais, n'hésite pas à poser des questions si tu as des doutes.